دستگاه real-time PCR (ریل تایم پی سی آر) به جهت بررسی میزان بیان ژن های موجودات زنده است. همانطور که از معنی واژه بر می آيد مفهوم Real-time PCR مشاهده لحظه به لحظه يک فرايند می باشد.

روند کار را می توان به دو مرحله تقسیم کرد:

الف. تکثیر amplification

دناتوره سازی
انکوباسیون در دمای معمولا 95 درجه برای “ذوب” DNA دو رشته ای به تک رشته ای  استفاده می شود. بالاترین دمایی که DNA پلیمراز می تواند تحمل کند معمولاً استفاده می شود (معمولاً 95 درجه سانتیگراد). اگر محتوای GC الگو زیاد باشد، زمان دناتوره شدن را می توان افزایش داد.

آنیلینگ
دمای مناسبی است که بر اساس دمای ذوب محاسبه شده (Tm) پرایمرها (5 درجه سانتی گراد زیر Tm پرایمر) باشد.

اکستنشن
در دمای 70-72 درجه سانتی گراد، فعالیت DNA پلیمراز بهینه است .

ب. تشخیص

تشخیص مبتنی بر فناوری فلورسانس است.
نمونه ابتدا در چاهک مناسب نگهداری می شود و مانند PCR معمولی تحت سیکل حرارتی قرار می گیرد.
با این حال، دستگاه در Real Time PCR در معرض تنگستن یا منبع هالوژن قرار می گیرد که منجر به فلورسانس نشانگر اضافه شده است.
سیگنال ساطع شده توسط یک detector شناسایی شده و پس از تبدیل به سیگنال دیجیتالی که روی صفحه نمایش داده می شود به کامپیوتر ارسال می شود.
هنگامی که سیگنال به سطح آستانه می رسد، قابل تشخیص است.