تربیت جنسی کودکان می‌تواند یکی از بخش‌های چالش‌برانگیز برای والدین باشد. برخی از مشکلاتی که والدین ممکن است در این زمینه با آنها روبرو شوند عبارتند از:

1. سنجش نیازها و تفاوت‌ها: هر کودک یک فرد منحصر به فرد است و نیازهای جنسی و تفاوت‌های آن‌ها ممکن است میان کودکان مختلف متفاوت باشد. والدین باید به دقت نیازهای جنسی فرزندان خود را شناسایی و ارتباطات با آنها را بر پایه این نیازها برقرار کنند.

2. آموزش اطلاعات جنسی: یکی از چالش‌های بزرگ برای والدین ارائه اطلاعات جنسی مناسب و به موقع به کودکان است. این اطلاعات باید با توجه به سن و توانایی فهم کودک تنظیم شوند.

3. مدیریت جنسیت: برخی از والدین ممکن است با مدیریت جنسیت کودکان خود مشکلاتی داشته باشند. این مشکلات می‌تواند به دلیل تفاوت‌های جنسیتی، سن، فرهنگ و موارد مشابه باشد.

4. ارزیابی و مدیریت رفتارهای جنسی: والدین باید قادر باشند رفتارهای جنسی کودکان خود را ارزیابی و مدیریت کنند. این شامل مدیریت رفتارهای ناپسند و آموزش مفهوم رفتارهای مناسب در موقعیت‌های مختلف می‌شود.

5. داشتن برنامه‌های آموزشی: والدین باید برنامه‌های آموزشی مناسبی برای کودکان خود داشته باشند تا بتوانند نیازهای جنسی آنها را به طور کامل برطرف کنند.

6. تعامل با دیگران: والدین باید قادر باشند با دیگران، از جمله مربیان، معلمان، و دیگر والدین، به شکل مناسب دربارهٔ مسائل جنسی و نیازهای کودکان خود تعامل کنند.